Epitafium ufundowane przez toruńskiego medyka Melchiora Pirnesiusa w latach 80. XVI w., prawdopodobnie jako kompozycyjne pendant do ufundowanego w tym samym czasie przez Pirnesiusa epitafium dla jego córki Anny. Być może zaopatrzone było w uszaki  i trójkatny naczółek. Wisiało najpewniej na filarze podwieżowym, na przeciwko obecnej Kaplicy Kopernikańskiej.

Z badań Józefa Flika wynika , że w czworokątnych polach obramiania, obecnie zdobionych instrumentami astronomicznymi, znajdowały się oryginalnie malowane wazony z bukietami kwiatów, a w części centralnej strefy cokołowej – tondo w wizerunkiem oranta (portret fundatora? FLIK / KRUSZELNICKA 1996, s. 171. Inaczej wyglądała pierwotnie szata Kopernika – cała czarna, zapinana z przodu na rząd guziczków. Epitafium to zostało po raz pierwszy odrestaurowane z inicjatywy jezuickiej na początku XVII wieku. Pierwotny naczółek zastąpiono nowym, półkolistym, mieszczącym w centrum tondo z popiersiem króla Jana Olbrachta i herby po bokach – Królestwa Polskiego i Prus Królewskich. Dodano też majuskułowe epigramy w zwieńczeniu  i w polu cokołu. Wazony zastąpiono przyrządami identyfikującymi zmarłego jako astronoma: węgielnicą, sekstantem lustrzanym, pierścieniowym zegarem słonecznym i globusem nieba, a ponadto w tle domalowano półkę z kolejnymi instrumentami – cyrklem i astrolabium. Najpewniej wówczas przydano też Kopernikowi czerwoną szatę wierzchnią – zdaniem Józefa Flika miał to być efekt popularności portretu z toruńskiego gimnazjum, obecnie znajdującego się w zbiorach Muzeum Okręgowego w Toruniu (MOT) – FLIK 1973, s. 102. W tej szacie Kopernik jest ujęty na odwzorowującym epitafium sztychu w kronice Christopha Hartknocha, co wskazuje, że zmiana ta nie jest efektem jeszcze późniejszej renowacji. Kolejną fazę przekształceń epitafium wyznaczyły działania podjęte w wyniku starań Jakuba Kazimierza Rubinkowskiego w 1733 roku. Oba epigramy zostały wtedy namalowane na nowo, a do napisu w strefie cokołowej, który nieco pomniejszono i zagęszczono, dodano informację o fundatorze renowacji. U dołu epitafium dołączono ponadto łukowato zakończony fartuch zawierający rozbudowaną laudację ku czci Kopernika. Ponownie dzieło restaurowano jeszcze w 1870 roku, na krótko przed obchodami czterechsetlecia urodzin astronoma; zaburzające kompozycję akantowe konsole podtrzymujące ramę i – niezachowana do dziś – główka putta, znana z przedwojennej dokumentacji,  były efektem jeszcze późniejszych przeróbek; brakuje ich na fotografii z 1873 roku. W końcu XIX wieku zawieszone na zachodniej ścianie kaplicy, na obecnym miejscu, gdzie  wymienił je jako pierwszy HEISE 1889, s. 262–263.

• VIS. 1667–1672 [1903], s. 209–210: „E regione ingressus intra ecclesiam ab austro ad columnae superficiem appensa est Iignea tabula, veram effigiem subtilis quondam mathematici Nicoleai Copernici, canonici Varmiensis, praebens, anno 1543 picta”.
• MEMORANDA BAUMGARTENA [1989], s. 119–120, o lokalizacji: „autralem versus portam templi parochialis Johannitici, magnitudini gloriae suae mirum quantum inferius. Visitur ad ipsum ultimae columnae e templo egrediendo ad sinistram affixum”.
• VIS. 1814, s.5: „In opposita huic Capelle columna in regione ingressus in Ecclesiam ab Austro appensa est lignea tabula veram Effigiem Subtilier qum dam Mathematici Nicolai Copernici Canonici Varmiensis exhibatur”.
• INV. 1819 (JOANNIS), nr 48: „Prosto nad ołtarzem jest obraz Kanonika i Matematyka Kopernika, króla Polskiego Jana Alberta i pod temż marmurowy obraz na postumencie”.
• INV. 1842–1845 (JOANNIS), s. 56: „An dem dieser Capelle gerade überstehenden Pfeiler in der Gegend des Eigang in die Kirche, von Suche, ist eine Holzerer Tufel, auf welcher das Bildniß des ehemaligen Ermlaus disschen. Dom Hernn Nicolaus Copernicus”.