W czasach protestanckich początkowo do ceremonii chrztu używano misy mosiężnej („1 gross messing Taufbecken”,  Inwentarz 1678 i 1684, ed. Ciesielska 1982, s. 206, misa wymieniana jeszcze w 1706 i 1716, TAMŻE, s. 210); w 1689 ławnik przedmiejski Johannes Schultz ufundował chrzcielnicę „z czarnego marmuru…zaopatrzoną w miedzianą pokrywę” (WERNICKE 1846, s. 257; fundację poświadczają inskrypcje na misie i pokrywie, zob. nr H.III.2.), która znajdowała się pośrodku prezbiterium, otoczona żelazną kratą ( INV. 1724 [BMV] [1989]), z drzwiczkami, nad którymi był napis: H. Johann Schultz 1689 (SEMRAU 1892). Po przejęciu kościoła NMP przez Bernardynów chrzcielnica została wydana gminie ewangelickiej w r. 1725 przez gwardiana o. Watsona, co poświadczył 28 VI 1725 bp chełmiński (KANTAK 1925, s, 114, poz. 40; za nim BIRECKI 2005 (2), przyp. 31 i KLUCZWAJD 2005), a właściwie sprzedana za 700 fl (WERNICKE 1846); przeniesiona do nowej świątyni, zbudowanej w latach 1755-1756 (wyposażenie kompletowano do 1759); jej stan z k. XVIII w. prezentuje rys. Johanna Christiana Schreibera, dat. 1785, jednak bez wskazania dot. lokalizacji i bez ogrodzenia, z pokrywą podnoszoną przy pomocy liny ( Tylicka/Tylicki 2016, s. 81-82, 183); zapewne od początku była ustawiona pośrodku kościoła, przed ołtarzem głównym (por. fot. z 1934 w zbiorach HI w Marburgu, nr 4d / 768: widok wnętrza od ołtarza w kierunku organów, od zach. w stronę wschodnią; na zdjęciu bez pokrywy; podobnie na widoku spod empory organowej w kierunku ołtarza, zdjęcie niedatowane z okresu międzywojnia, HI, nr 177574); Heuer 1929 , s. 45–46 potwierdza tę lokalizację, dodając, że krata, która niegdyś okalała chrzcielnicę, nie zachowała się; Birecki 2005 niesłusznie określa ją jako „bernardyńską”; następnie już z prawidłową informacją BIRECKI 2013, s. 49–50). Obecnie wykorzystywana jako kropielnica, ustawiona w kruchcie kościoła; cynowa misa i miedziana pokrywa przeniesiona w 1945 do ówczesnego Muzeum Miejskiego >>.

W miejsce odstąpionej gminie ewangelickiej,  do kościoła NMP sprawiona została nowa, obecna chrzcielnica na wzór poprzedniej (wys. 94,2, z cokołem 108,5; Ø 62 cm), o prawie identycznych wymiarach, aczkolwiek pozbawiona charakteryzującej ją subtelności formy, o znacznie cięższych proporcjach, twardszym profilowaniu, niemniej z analogiczną pokrywą; brak subtelności przebija szczególnie wyraziście przy zestawieniu trzonu tej starszej chrzcielnicy, smukłego, z charakterystyczną gruszkowatą lalką z niekształtnym trzonem owej młodszej, z lalką zgnieconą, pogrubioną, jakby zapadniętą w sobie. Wymieniona została w inwentarzu z 1827 r. (  z czarnego marmuru i z miedzianą pokrywą oraz cynową misą chrzcielną, na której osadzone dwie małe drewniane figury Jana Chrzciciela i Chrystusa), usytuowana przy zakrystii. Jednak wcześniej, w inwentarzu z 1817 roku mowa o czarnej marmurowej kropielnicy (dosłownie: naczyniu na wodę święconą w kształcie chrzcielnicy: „Ein schwarz marmornes Gefäss zum Weihwasser in Form eines Taufsteines an der Kirchentür inwendig mit einem zinnernen Kessel”), usytuowanej obok wejścia („drzwi kościelnych”); może przez krótki czas, po zawirowaniach w wyniku wojen napoleońskich, chrzcielnica użytkowana była jako kropielnica. Jerzy Domasłowski zapewne sugerując się tym zapisem, uznał funkcję kropielnicy za pierwotną (DOMASŁOWSKI / JARZEWICZ 1998.)

Zgodnie z lokalizacją wskazaną w inwentarzu z 1827, chrzcielnicę wymienia kilka lat później WERNICKE 1846 (s. 256) w swoim opisie kościoła czarną marmurową chrzcielnicę, ustawioną przy wejściu do zakrystii, pod tablicą z portretem ks. Racibora oraz obrazem Zmartwychwstania (nr H.V.2.2, C.V.2.1.). Podobnie wykazuje SEMRAU 1892.

W obecnej lokalizacji widoczna na fotografiach wyk. przez Kurta Grimma ok. 1940-1941 r. (w MOT oraz w Herder-Institut; zdjęcia w Marburgu ze zbiorów Willy’ego Drosta), z widocznym figuralnym zwieńczeniem puklowanej pokrywy.