Biorąc pod uwagę ośmioboczny kształt obiektu, odnoszący się zgodnie z tradycją średniowiecza do symboliki baptyzmalnej, można w nim upatrywać dawnej, średniowiecznej chrzcielnicy. Poświadczałyby to nawet obecna lokalizacja po północnej stronie, w zachodniej części korpusu nawowego. Chrzcielnica jest obrobiona dość surowo, pozbawiona dekoracji, co może wskazywać na jej wczesną metrykę (powierzchnia mogła też zostać skuta). Problemem otwartym pozostaje jej funkcjonowanie w średniowiecznym kościele Franciszkanów. Sakrament chrztu objęty był zgodnie ze zwyczajem i statutami diecezjalnymi przymusem parafialnym. Nie posiadamy danych, mówiących o chrztach u toruńskich franciszkanów. Można jednak założyć, że udzielano ich przynajmniej w tym czasie, kiedy kościół obejmował funkcjami duszpasterskimi mieszkańców przedmieść extra muros, przed ostatecznym uformowaniem się organizacji parafialnej Torunia i normatywnych regulacji dla diecezji chełmińskiej. Być może i później przymus parafialny nie był w tym zakresie przestrzegany.